YYS alan firmalar, Gümrük İşlemlerinin Kolaylaştırılması Yönetmeliğinin 158. Maddesi uyarınca sertifikanın düzenlendiği tarihten sonraki her 12 aylık dönemin sonunda, 3 ay içerisinde, gümrük İşlemlerinin usulüne uygun yapılıp yapılmadığını denetlemek ve Yıllık Faaliyet Raporunu hazırlamak ve saklamak zorundadırlar. Gümrük İdaresi tarafından istendiğinde bu raporlar sunulabilmelidir.